1559 - Die Schola Duisburgensis wurde 1559 zum Akademischen Gymnasium Duisburg. Einer der Lehrer dort war von 1559 bis 1562 Gerhard Mercator, er unterrichtete Mathematik und Kosmografie. Der geplanten Universitätsgründung in Duisburg standen die Jesuiten sehr kritisch gegenüber, da sie eine stark protestantisch ausgerichtete Universität befürchteten. Es gelang ihnen zunächst, eine päpstliche Genehmigung zur Errichtung zu verhindern. Erst als Herzog Wilhelm V. zusagte, die Lehrstühle nur mit katholischen Professoren zu besetzen und dem in Düsseldorf lehrenden Johannes Monheim die Lehrerlaubnis zu entziehen, wurde am 20. Juli 1564 die päpstliche Gründungsurkunde ausgefertigt. Zwei Jahre später erhielt Wilhelm V. dann auch vom Kaiser das Privileg zur Errichtung der Universität. Der Beginn des spanisch-niederländischen Krieges verhinderte die Errichtung der Universität, die erst 1655 unter preußischer Herrschaft gegründet wurde.

1561 – In Duisburg wird im Oktober Agnes Muiseltz der Hexerei verdächtigt, gefoltert und in der Ruhr der Wasserprobe unterzogen.

1571 - wurde das Haus Knipp in Beeckerwerth durch ein Hochwasser des Rheins vollständig zerstört. Bis zu seiner Zerstörung 1571 war es Sitz der Gerichtsbarkeit.

1571 – beklakte sich der Graf von Moers darüber, das die Halener nicht bereit seinen, ihre bereits von Rheinhochwasser stark mitgenommene und Einsturzgefährdete Kirche abzubrechen und in Hamborn wieder aufzubauen.

1571 - wurde die evangelische Kirchengemeinde Homberg gegründet.

1582 - übersiedelten die Zisterzienserinnen nach Duisburg, nachdem das Kloster mehrmals niedergebrannt war.

1583 - drang der spanische Feldherr Francisco de Mendoza mit 21.000 Fußsoldaten und 2.500 Reitern bis Orsoy vor und errichtete in Walsum ein Lager mit Schanzen.

1584 - Anfang 1584 begann der Vormarsch spanischer Truppen in rechtsrheinisches Gebiet, hierbei wurden 1584 die Dörfer Meiderich und Lakum geplündert.

1586 - erobern die Spanier Orsoy und zerstören die Stadt bis auf die Grundfesten.

1587 - errichteten die Spanier auf Essenberger Gebiet die sogenannte Kamillenschanze am Rhein.

1594 - stirbt der Kartograph Gerhard Mercator und wird in der Salvatorkirche beigesetzt.

1598 - Der spanische Feldherr Francisco de Mendoza lag während des Achtzigjährigen Krieges mit 21.000 Fußsoldaten und 2.500 Reitern vor der Festung Orsoy und vor Walsum, wo ein Lager mit Schanzen errichtet wurde. Eine von den Spaniern gebaute Schwimmbrücke über den Rhein wurde durch einen Sturm zerstört woraufhin Mendoza mit der Belagerung von Rheinberg begann.

1601 - Im Verlauf eines von Moritz von Oranien geleiteten staatisch-niederländischen Feldzugs am Niederrhein gelang 1601 die Eroberung von Moers und Rheinberg, die niederländischen Söldner richteten auch im rechtsrheinischen Ruhrgebiet, so z.B. in Walsum Schäden an.

1608 - Die Duisserner Nonnen erwarben 1608 das Dreigiebelhaus, das älteste heute noch vorhandene Wohngebäude in der Stadt Duisburg, und ließen sich dort nieder.

1610 - Im Jahre 1610 wurde in Düren die Duisburger Generalsynode vorbereitet. Dieses auch als Erste Reformierte Generalsynode bezeichnete Kirchentreffen fand am 7. September desselben Jahres in der Duisburger Salvatorkirche statt. Die Synode gilt als Geburtsstunde der Evangelischen Kirche im Rheinland.

1611 - wurde der Besitz der Johanniter in Walsum von der Kommende Herrenstrunden bei Bergisch Gladbach verwaltet.

1614 – Am 13. Dezember diesen Jahren zogen Spanische Truppen in die Stadt und blieben bis zum 12.04.1621. Da diese Soldaten keine militärische Aufgabe hatten übten sie ihren Mutwillen an den Duisburgern Bürgern aus. Ein paar Beispiele aus dieser Zeit was die Duisburger Bürger zu erleiden hatten:

Die hispanischen Weiber erregten ungestraft Anstoß, der evangelische Gottesdienst wurde gestört, die Bürger wurden mit schlägen traktiert, und selbst Totschlag blieb ungesühnt. Das schlimmste Beispiel gab der Gouverneur selbst. Auf die Vorstellung, das die Stadt nicht im Stande sei, seine ewigen Forderungen an Heu, Hafer und Geld zu erfüllen erwiderte er, sie sollten Weib und Kind verpfänden; sie wären in seiner Hand, und er wüsste wohl Mittel, seinen Willen durchzusetzen.

1617 Im Herbst dieses Jahres beantragte die Stadtbehörde ein Untersuchung der Vorfälle durch das spanische Oberkommando. Dieser Antrag zog den Unmut der spanischen Besetzer über die zu erwarteten Einschränkungen mit sich. An drei Stellen warfen sie Feuer in die gefüllten Steunen, stießen die herbeieilenden Bürger zurück, zerstachen die Brandeimer, rissen den Löschmanschaften die Feuerhaken aus den Händen, zerschlugen die Laternen in den Straßen, sie machten jede Hilfestellung unmöglich.

Wie durch ein Wunder wurde die Stadt gerettet, nur sieben Scheunen fielen dem Feuer zum Opfer. Auf diese Untat hin wurde die Beschwerde der Stadt dringend, und der spanische Gouverner wurde entfernt, zwei Soldaten wurden gevierteilt, eine große Anzahl Soldaten gefangen genommen und nach Wesel und Düsseldorf gebracht. Aber trotzdem war für die Bürgerschaft keine fühlbare Erleichterung gewonnen.

1625 Im Januar versuchten Truppen das Rathaus zu plündern. Da setzten sich die Bürger zur wehr und verwundeten viele von ihnen.

1629 Am 28. Oktober zogen die Niederländer mit 200 Soldaten in Duisburg ein.